Het waterschap stelt regels op over de fysieke leefomgeving en legt deze vast in één waterschapsverordening voor zijn gehele grondgebied. De waterschapsverordening bevat in de eerste plaats de regels die op grond van de Omgevingswet worden gesteld en daarnaast ook regels over de fysieke leefomgeving die worden gesteld op grond van de Waterschapswet.
De waterschapsverordening richt zich specifiek op het watersysteem en bevat onder andere regels met betrekking tot beheer, regels over lozingen of beperkingengebiedactiviteiten met betrekking tot een waterstaatswerk.
Daarnaast kan de waterschapsverordening zich richten op het vaarwegbeheer en wegenbeheer, voor die gebieden waarvoor het waterschap dat soort beheer uitvoert en voor zover het onderwerpen betreft die niet uitputtend zijn geregeld op grond van de Wegenverkeerswet en de Scheepvaartverkeerswet. De provincies delen het vaarwegbeheer toe, en kunnen dat zowel bij de provincie zelf als bij het waterschap of de gemeente beleggen. Wegenbeheer wordt in bepaalde delen van het land door waterschappen gedaan buiten de bebouwde kom – dit zijn van oudsher wegen die nodig waren voor de waterbeheertaken van het waterschap, zoals dijkwegen.
De regels in de waterschapsverordening zijn gebodsbepalingen, en bepalingen over in welke gevallen een vergunning of een melding vereist is voor bepaalde activiteiten/handelingen of voldaan moet worden aan algemene regels. Tevens kan het waterschap beperkingengebieden aanwijzen.