Onder annoteren verstaan we het toevoegen van gegevens aan (onderdelen van) een omgevingsdocument die de inhoud van het omgevingsdocument voor de computer vertalen. Door het annoteren kan een viewer locaties en andere gegevens op een kaart en bij een tekst weergeven. Het annoteren zorgt er ook voor dat een omgevingsdocument op bepaalde kenmerken doorzoekbaar is. In het geval van omgevingsdocumenten met artikelstructuur waarin regels over activiteiten worden gesteld, helpt het annoteren ook bij het verbinden van toepasbare regels, oftewel vragenbomen, aan regels met locaties. De gegevens die bij het annoteren worden toegevoegd worden niet in de voor de mens leesbare tekst weergegeven.
Het annoteren van omgevingsdocumenten met OW-objecten is beschreven in hoofdstuk 6 van elk TPOD, bijvoorbeeld hier uit het TPOD omgevingsplan. In paragraaf 6.2 van elk toepassingsprofiel wordt ook van ieder OW-object aangegeven wat het doel is van die annotatie, ofwel wat levert de extra inspanning van het annoteren op aan meerwaarde voor gebruiker en opsteller?